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Sujet : Défense de thèse --> j'ai survécu!
huomenta
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Message du 13-03-2009 @ 22:34      Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   


Le 27 mars je vais défendre ma thèse doctorale :doc: :banane:
Donc dernièrement j'ai été un peu moins présent pour cause d'emplois du temps "un peu" surchargé :o
- dernières corrections apportées à la thèse
- cours aux petit(e)s jeunes du département le mois denier (bon ce n'était pas vraiment une corvée :naughty: )
- préparation d'une présentation pour un séminaire (qui n'est pas entièrement sur mon sujet :( )
- lecture de tout et n'importe quoi touchant de près ou de loin le sujet :nerdz: (je crois que c'est le pire de tout)
- garder son calme face aux incompétents de l'administration universitaire :boxe:
- préparation de la journée (location de costume -queue de pie :aga:-, préparation de la présentation, réservation des restaux....)

Mais depuis lundi j'ai certain coup de fatigue (il faut dire que je dors peu en ce moment) et surtout j'ai vraiment l'impression de ne rien savoir, plus je lis et plus je me rends compte que je suis un ignorant! Et en plus j'ai l'impression de ne rien retenir... Je suis certain que tout ça c'est à cause du stress :mur: Mais c'est pas forcement des sensations très rassurantes avant l'inquisition :pretre:



Enfin voila je voulais vous tenir au courant de cet évènement qui sera une journée importante pour moi :)

[message édité le 02-04-2009 @ 22:09 Par huomenta]
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raouldeux™
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Message du 13-03-2009 @ 22:50   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

bah euh disons que si les boissons sont fraiches et les toasts non brûlés ça se rate pas une thèse :D

donc bon courage et M[censuré] ;)

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bAm
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Message du 13-03-2009 @ 23:00   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Bonne chance :)

C'est une thèse dans quel domaine ?


huomenta a écrit

j'ai vraiment l'impression de ne rien savoir, plus je lis et plus je me rends compte que je suis un ignorant! Et en plus j'ai l'impression de ne rien retenir... Je suis certain que tout ça c'est à cause du stress :mur: Mais c'est pas forcement des sensations très rassurantes avant l'inquisition :pretre:


Ca je crois qu'on le ressent tous un peu avant chaque concours/examen important.

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huomenta
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Message du 13-03-2009 @ 23:08   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Oui je n'ai jamais vu une personne se faire recaler, mais je ne voudrais pas passer pour un imbécile devant tout le département plus les amis et surtout la famille qui va faire le déplacement exprès...
Et puis ici on ne fait pas de buffet avec des petits toasts bien croustillant ;) , c'est tout le monde au restau en tenu de soirée style XIX pour les dames (robes longues, épaules découvertes et petit châle sur les épaules) et tous les hommes sont en costumes sombre avec cravate. Pour ma part ce sera un costume en queue de pie.... Donc tout ce truc met un peu la pression je trouve... :pamafote: Mais bon ce n'est qu'une fois dans sa vie :p

Bam --> biochimie ;)
Titre de la thèse qui fait mal à la tête

"Experiments on fatty acids chain elongation and glycan flipping in the ER membrane"


Merci pour votre soutien ;)

[message édité le 13-03-2009 @ 23:10 Par huomenta]
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Marsoff
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Message du 14-03-2009 @ 0:13   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Bah, c'est normal de stresser... c'est quand même un sacré moment :smilejap:

Mais dis-toi bien que l'essentiel est déjà fait : la soutenance (plutôt que défense :o ;) ), c'est quand même un truc assez formel, ce qui compte ce sont les années de boulot que tu as déjà abattu. Ca c'est du solide

Pour évacuer une partie du stress, dis-toi que tu parles devant tes pairs, pas devant tes profs... et que personne dans ton jury ne maîtrise mieux ton sujet que toi :p

Bon je sais pas si ça t'aide, mais en tout cas on aura une pensée pour toi le "jours J"
:clap: :clap: " Summa cum laude " :clap: :clap:
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sebb974
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Message du 14-03-2009 @ 0:21   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

et quels sont les conclusions de tes expériences sur le RE ?
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old£'dn
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Message du 14-03-2009 @ 8:48   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Oh que de souvenirs :D

Moi qui suis de nature pas du tout stressé , j'avoue que quelques semaines avant mon phD Defense j'en menais par large ! Toute manière dit toi que c'est pareil pour tout le monde t'es forcement à la bourre et pas pret! D'ailleurs j'ai réellement fini mon mémoire un mois après ma Defense.
Bon au final ça se passe rarement mal, mais c'est quand même 4 ans de sa vie qu'on joue sur 2h.

Je ne sais pas combien de temps dur ta présentation (moi c'était 1h30 de présentation avec public, plus officiellement 30min de questions sans public ( mais qui au final c'est transformée en 1h de questions :o )

Après c'est que du pur bonheur. T'as un sentiment à la fois d'euphorie et de bien être assez indescriptible. J'avais eu le même genre de sentiment après la fin des écrits des concours de prépa. :p



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Jeff93_70
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Message du 14-03-2009 @ 8:52   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

old£'dn a écrit



Après c'est que du pur bonheur. T'as un sentiment à la fois d'euphorie et de bien être assez indescriptible. J'avais eu le même genre de sentiment après la fin des écrits des concours de prépa. :p




La putain de libération à la fin des concours... un truc de malade quoi. T'en chies pendant 2 ans, et, tout se joue sur quelques heures d'exam. Après, tu souffles un graaaaaaaaand coup. :D

Bonne chance huomenta!
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Torasme
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Message du 14-03-2009 @ 12:36   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Jeff93_70 a écrit



La putain de libération à la fin des concours... un truc de malade quoi. T'en chies pendant 2 ans, et, tout se joue sur quelques heures d'exam. Après, tu souffles un graaaaaaaaand coup. :D

Bonne chance huomenta!



Pas mieux ;)
On va tous penser à toi pour ce jour... et au jour suivant où tu seras complètement torché :D
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huomenta
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Message du 14-03-2009 @ 12:38   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

sebb974 a écrit

et quels sont les conclusions de tes expériences sur le RE ?


Que c'est le bordel :D
En fait les sujets sont totalement indépendants, mais sont tous les 2 essentiels à la cellule ;)
Si tu es vraiment intéressé je peux te faire un piti résumer (Un copier-coller de mon intro :p )


old£'dn a écrit

Oh que de souvenirs :D

Moi qui suis de nature pas du tout stressé , j'avoue que quelques semaines avant mon phD Defense j'en menais par large ! Toute manière dit toi que c'est pareil pour tout le monde t'es forcement à la bourre et pas pret! D'ailleurs j'ai réellement fini mon mémoire un mois après ma Defense.
Bon au final ça se passe rarement mal, mais c'est quand même 4 ans de sa vie qu'on joue sur 2h.

Je ne sais pas combien de temps dur ta présentation (moi c'était 1h30 de présentation avec public, plus officiellement 30min de questions sans public ( mais qui au final c'est transformée en 1h de questions :o )

Après c'est que du pur bonheur. T'as un sentiment à la fois d'euphorie et de bien être assez indescriptible. J'avais eu le même genre de sentiment après la fin des écrits des concours de prépa. :p



Je ne suis un grand stressé de nature, bien au contraire, mais c'est juste que je voudrais que tout se passe super bien à tous les niveaux ;)
La thèse devra être imprimée et distribuée avant la fin de la semaine, je pense qu'après ca ira un peu mieux (une chose de moins à penser et à faire)

Ici c'est 20min de présentation de ma part, 40min par la personne me posant les questions, et pour les questions c'est en général 1h30, le plus long que j'ai vu était 3h de questions! (A 4h de questions on a le droit de prendre une pause... En fait il n'y a pas de limite supérieur)

Oui je pense que lorsque la période des questions sera finie, je vais planer "un peu" :D Et ensuite je dormirai beaucoup :D
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mario 1114
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Message du 14-03-2009 @ 13:01   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Bonne chance pour tes exams ... mais comme tu es le meilleur , no problémo ! :) ;)

Ps: et puis arrête de stresser ... tu fais fondre la banquise ! ( voyou . ) :o :D
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sebb974
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Message du 14-03-2009 @ 14:11   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

ué, je veux bien lire ta petite intro pour voir ce qu'il en est
merci
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huomenta
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Message du 14-03-2009 @ 14:51   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Torasme a écrit



Pas mieux ;)
On va tous penser à toi pour ce jour... et au jour suivant où tu seras complètement torché :D


J'ai une bouteille de chartreuse et d'absinthe qui attendent d'être dégustée :drink3: Et pour plus d'effet ce sera peut être dans un sauna :amoche: Il devrait surement y avoir une cousine russe aussi :o :D



mario 1114 a écrit

Bonne chance pour tes exams ... mais comme tu es le meilleur , no problémo ! :) ;)

Ps: et puis arrête de stresser ... tu fais fondre la banquise ! ( voyou . ) :o :D


Merci Mario, si seulement c'était vrai :honte:
Et désolé pour la banquise :p



sebb974 a écrit

ué, je veux bien lire ta petite intro pour voir ce qu'il en est
merci


Bon courage :D


Fatty acids (FAs) are essential molecules composed of oxygen, carbon and hydrogen, and are used in many different ways in cells. They can function in energy storage, and as structural elements or building blocks for the synthesis of more complex molecules. They also have regulatory roles in biological processes (Kohlwein et al. 2001, Schneiter et al. 1996, Schneiter et al. 2004, Leonard et al. 2002). FA function and category are determined mostly by the length of the carbon chain: short FAs range from 2 to 6 carbons, medium FAs from 8 to 12 carbons, long chain FAs from 14 to 18, and very long chain fatty acids (VLCFA) from 20 carbons.
In yeast, VLCFA also serve as building blocks for much more complex molecules but are not taken up as nutrients, which makes their endogenous synthesis through the elongation pathway an essential process for the cell. The protein complex catalyzing fatty acid chain elongation is located in the endoplasmic reticulum (ER) membrane (Nugteren 1965) and uses long chain FAs (C16-C18) generated by the cytosolic fatty acids synthase as substrates.
In this work, the yeast S. cerevisiae was used as a model organism to characterize cotton fiber genes involved in the VLCFA elongation pathway. The disturbed VLCFA profile of yeast deletion mutants lacking the elongase genes was restored to wild type when the corresponding cotton homologues were expressed in these mutant cells.
Prior to the initiation of this study, three of the four enzymes of the elongation cycle in yeast were known. The dehydratase, however, had not been identified (Han et al. 2002).

N-linked glycosylation is the main protein modification in eukaryotes and it takes place on nascent proteins in the ER lumen on asparagine side chains in the sequence Asn-X-Ser/Thr, unless X is a proline (Welply et al. 1983). The added glycan increases the mass and solubility of the nascent peptide, prevents the aggregation of hydrophobic patches, and makes proteins more resistant to denaturation and proteolysis (Helenius & Aebi 2004). Glycan synthesis is initiated on the cytosolic side of the ER membrane and proceeds until a structure composed of a dolichol pyrophosphate, two N-acetylglucosamine and five mannose residues (DolPP-GlcNac2-Man5) is formed (Bugg & Brandish 1994). A key step in the glycan synthesis is the translocation of the lipid linked oligosaccharide (LLO) across the ER membrane in an Rft1p-dependent process (Helenius et al. 2002). The glycan facing the ER lumen will be further elongated, by the addition of four mannose and three glucose moieties, up to DolPP-GlcNac2-Man9-Glc3 and thereafter transferred to the nascent peptide.
In this study, a chimeric protein engineered to introduce redundancy in the dehydratase step of the VLCFA elongation pathway suppressed the reported yeast rft1Δ lethal phenotype (Helenius et al. 2002). The data demonstrated that the suppression was due to unspecific LLO flipping. Our observation that inactivation of the ER associated protein degradation pathway (ERAD) rescues the growth of the S. cerevisiae rft1Δ highlights the importance of the malfolded protein response for the specificity of the LLO flipping and membrane integrity in general. The data obtained through functional complementation of the yeast rft1Δ mutant demonstrated that the human homologue was capable of substituting for the yeast Rft1p in flipping (Haeuptle et al. 2008). Furthermore, the results also showed that a human RFT1 variant isolated from a patient diagnosed with a glycosylation defect, was unable to complement the yeast rft1Δ N-glycosylation phenotype. This is the first case of a glycosylation deficiency caused by a loss-of-function mutation mapped to hRft1p.





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Message du 14-03-2009 @ 17:06   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

là pour le coup je préfère la VF :D oué moi aussi j'ai mangé du krebs :yeux: mais c'était y'a trèèès longtemps j'ai rien retenu peu de choses , tant mieux tout doit être obsolète désormais :D
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Message du 14-03-2009 @ 17:19   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Et le lethal phenotype. On peut le mettre dans une bouteille ou le sniffer?

Qui plus est, tu vas tomber sur un "chien" (comme moi quoi) , qui va te demander: Et en Mandarin, çà donne quoi? :D

J'oublais le principal...Mer** Nounours. ;)

[message édité le 14-03-2009 @ 17:20 Par spooky]
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Message du 14-03-2009 @ 19:35   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Souvenirs, souvenirs (2004 pour moi) :)

Mon Jury (c'est moi au fond):



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Laptop 2: HP 8560w (core i7-2630QM 2.0 GHz - 8 Go DDR3 - 500 Go 7200 rpm - ATI FirePro M5950 - 15.6" FHD)
Audio: Sony NWZA818, Westone UM2, Sennheiser HD555, Koss KSC75, Gweilo Monobass, Cabasse Bisquine
Divers: SonyEricsson W950i, Panasonic ZX1 et FZ8, Olympus XZ-1, JVC GZMG30EX, Canon Pixma MP160, Mio C310
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Message du 14-03-2009 @ 22:03   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

spooky a écrit

J'oublais le principal...Mer** Nounours. ;)



Pas mieux :D

Et sinon je ne regrette pas de ne pas avoir fait de thèse :D
Franchement 3 ou 4 ans sur un même sujet, je sais pas si j'aurais pu :(
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PC de Bureau : Gigabyte Z170-HD3P, Intel Core i7 6700K 4 ghz + BE QUIET Dark Rock 3, 2 x 8 Go DDR4 2666 MHz Crucial Ballistix Elite, PNY Geforce GTX 1060 6 Go, SSD Samsung 960 Evo M2 500 Go, SanDisk Extreme PRO 240 Go et Seagate 1 To le tout dans un Corsair Carbide 100R Silent Edition.
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huomenta
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Message du 14-03-2009 @ 23:04   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

raouldeux™ a écrit

là pour le coup je préfère la VF :D oué moi aussi j'ai mangé du krebs :yeux: mais c'était y'a trèèès longtemps j'ai rien retenu peu de choses , tant mieux tout doit être obsolète désormais :D


Je vais faire une petite traduction aux petits oignons :)




spooky a écrit

Et le lethal phenotype. On peut le mettre dans une bouteille ou le sniffer?

Qui plus est, tu vas tomber sur un "chien" (comme moi quoi) , qui va te demander: Et en Mandarin, çà donne quoi?

J'oublais le principal...Mer** Nounours. ;)


Merci pour ton message de soutien peu orthodoxe, mais tu restes fidèle à toi même :p ;)
Et dans un labo de biochimie tu as plus de produits à snifer ou à mettre en bouteille que tu peux en rêver :D



sebb a écrit

Souvenirs, souvenirs (2004 pour moi)
Mon Jury (c'est moi au fond):


Heureusement que tu précise "au fond", parce que le petit vieux qui est en 2ème position à droite ressemble comme 2 gouttes d'eau à ton avatar :D



nico42 a écrit


Pas mieux :D

Et sinon je ne regrette pas de ne pas avoir fait de thèse :D
Franchement 3 ou 4 ans sur un même sujet, je sais pas si j'aurais pu :(


6 pour moi :o (4 articles :amoche: ceux qui sont dans le milieu comprendront.... ) Mais c'est 4ans sur la première partie (acides gras), et juste un an sur la 2ème (glycosylation) Et pourtant j'ai plus de résultats sur la deuxième et c'est ceux que je préfère.... (Scientifiquement plus intéressant ;) )





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huomenta
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Message du 15-03-2009 @ 12:58   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Voila une petite traduction de l'intro :)

Les acides gras (FA) sont des molécules essentielles composées d’oxygène, carbone, et hydrogène. Ils peuvent servir à stocker l’énergie, comme éléments de structure ou servir de bases pour l’élaboration de molécules plus complexes. Ils sont aussi un rôle de régulation dans différents processus biologique. La fonction et la catégorie des acides gras est principalement déterminée par la longueur de la chaîne carbonée: court de 2 à 6 carbones, moyen de 8 à 12 carbones, long de 14 à 18, et très long acides gras (VLCFA) à partir de 20 carbones.
Chez la levure, VLCFA servent aussi à l’élaboration de molécules plus complexes, mais ne sont pas absorbé en tant que nutriments, ce qui rend leur synthèse au travers de l’élongation un processus essentiel pour la cellule. Le complexe protéinique catalysant l’élongation des acides gras se situe dans la membrane du reticulum endoplasmique (RE), et utilise les longs acides gras (C16-C18) générés par la voie de synthèse cytosolique comme substrat.
Lors de ce travail, la levure S. cerevisiae a été utilisée comme model d’étude pour caractériser
Des gènes issus de la fibre du coton impliqués dans la synthèse des VLCFA. Le profile de distribution des VLCFA issus de la levure mutante mutante ayant « perdue » les gènes permettant l’élongation a été restauré à un niveau comparable à la souche sauvage lorsque les gènes du coton ont été exprimés dans la levure mutante.
Avant le début de l’étude, 3 des 4 enzymes impliquées dans le cycle d’élongation étaient connus chez la levure. La déhydratase, par contre n’avait pas encore été identifiée.

La glycosylation N-liée est la principale modification des protéines chez les eucaryotes et prend place sur la protéine naissante dans le lumen du RE sur la chaîne latérale de l’asparagine dans la séquence Asn-X-Ser/Thr, sauf si X est une proline. L’addition d’un glycan augmente la masse et la solubilité du peptide naissant, prévient l’agrégation des séquences hydrophobes, et rend la protéine plus résistante à la dénaturation et protéolyse. La synthèse des glycans est initiée sur la face cytosolic du RE jusqu’à atteindre une structure compose d’un dolichol pyrophosphate, 2 N-acetylglucosamine et 5 mannoses (DolPP-GlcNac2-Man5). Une étape clé dans la synthèse des glycans est la translocation au travers de la membrane du RE grâce à un mécanisme dépendant de Rft1p. Le glycan exposé au lumen du RE est allongé par l’addition de 4 mannoses et 3 glucoses, pour atteindre DolPP-GlcNac2-Man9-Glc3 et ensuite être transféré au peptide naissant.
Lors de ce travail, la protéine chimère qui a été construite pour introduire une redondance dans la fonction de la déhydratase impliquée dans la synthèse des très long acides gras peut en fait compenser pour la perte de Rft1p qui a été reporté comme étant létale. Les données recueillies démontrent que la compensation était due à une translocation non spécifique des glycans. Notre observation concernant l’inactivation de la dégradation des protéines qui peut restauré la croissance de la levure, n’ayant pas le gène essentiel RFT1, met en lumière l’importance de la réponse aux protéines n’étant pas proprement repliées pour la spécificité de la translocation des glycans, et pour l’intégrité des membrane en général. Les données obtenues au travers de la complémentarité fonctionnelle de la levure rft1Δ démontrent que l’homologue humain est capable de substituer la protéine de la levure dans son rôle de translocation du glycan. De plus, les résultats montrent aussi qu’une version mutante du gène humain isolée chez un patient ayant un défaut de glycosylation, est incapable de complémenter la levure mutante rft1Δ. C’est le premier cas de déficience dans la glycosylation des protéines qui est lié à une perte de fonction située dans Rft1p.

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Message du 17-03-2009 @ 14:47   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Bonjour TTH,

Voila un petit :up: pour vous dire que je viens de recevoir les premières copies de la thèse... :D



Pièces jointes
Thesis Book.jpg [Voir] [Lien direct vers ce fichier] (Taille : 55.33 Ko - Téléchargements 70)

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Message du 17-03-2009 @ 15:27   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

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huomenta
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Message du 17-03-2009 @ 15:38   Site personnel   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Merci :smilejap:

En fait maintenant que la plus grosse partie administrative est finie je stress un peu moins ;)
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Flymann TTH
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Message du 17-03-2009 @ 15:42   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

huomenta a écrit

Merci :smilejap:

En fait maintenant que la plus grosse partie administrative est finie je stress un peu moins ;)



Si la pression baisse avant l'exam, c'est plutôt bon signe ;)

Pour avoir arpenté pendant quelques années les couloirs de la fac, je comprends le stress lié à l'administration des facultés :yeux:


[message édité le 17-03-2009 @ 15:53 Par Flymann TTH]
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Message du 17-03-2009 @ 15:46   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

Bon, rien qu'à la couverture je suis largué :p

Et surtout : bonne merde ! :D

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Message du 17-03-2009 @ 17:34   Afficher le profil   Envoyer un message privé   Editer le message   Citer le message      Afficher l'adresse IP   Alerter les modérateurs   

huomenta a écrit

Merci :smilejap:

En fait maintenant que la plus grosse partie administrative est finie je stress un peu moins ;)



Oui c'est clair, maintenant ça ne dépend plus que de toi, donc ça ne peux plus rater ;)

PS : j'ai beau aimer la bio d'une manière générale (chimie et moléculaire en particulier), ça donne mal au crâne le sujet de ta thèse :D
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